Obwohl die CM-5 als MIMD-Maschine konstruiert ist, unterstützte die Software lange Zeit in erster Linie SIMD-Programmierung, wobei die Instruktionen durch das Kontrollnetzwerk an die Knoten verteilt werden. Grundlage der Programmierung ist dabei CM-Fortran, ein Vorläufer von HPF.
Softwareübersicht CM-5